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北京大学多组学信息平台服务指南

一、平台简介

多组学信息平台目前配备高性能计算平台及大容量数据存储系统，致力于提供高效的（单细胞）转录组、表观组、基因组、蛋白组、代谢组、微生物组等组学分析及多组学整合分析服务。除常规的流程性分析之外，平台可根据用户的具体需求，开展定制化数据分析和生物信息学算法开发服务。

二、平台组织架构

平台负责人：吴华君

数据分析专家库：郑小琪（上海交通大学单细胞信息平台主任）、石建涛（中科院生化细胞所信息平台主任）、刘林（上海交通大学）等。

平台单位：北京大学医学部多组学研究中心、北京大学肿瘤医院科研处

平台联系方式：multiomics@126.com

三、平台管理办法

平台负责人确定对外合作课题内容、方向及合作细节，并指导技术员进行设备管理、设备使用、技术开发、数据管理和分析等。技术员和院内外合作者在平台负责人和专家的指导下进行课题的调研和实施，并根据用户需求进行调整和反馈。

四、服务器硬件资源

本计算平台采用高性能高密度存储系统作为基础存储平台，采用模块化刀片服务器构建高密度、高性能的计算集群，同时采用高速交换系统，存储系统直接接入存储光纤交换系统进行本地高速交换。计算集群采用 CentOS 的操作系统，配以 Slurm 作业调度系统统一调度计算节点资源和存储资源。集群包括登录节点和两个计算节点，登录节点包含32个Intel(R) Xeon(R) Silver 4215R @ 3.20GHz CPU双线程核心，计算节点1含有112个Intel(R) Xeon(R) Gold 6330N @ 2.20GHz CPU双线程核心、2张NVDIA A100 80G显卡和2T内存，计算节点2含有112个Intel(R) Xeon(R) Gold 6330N CPU @ 2.20GHz CPU双线程核心、8张NVDIA GeForce 3090 24G显卡和512G内存，存储节点包含300T硬盘空间，平台网络采用高速56Gb FDR Infiniband连接。

五、收费标准（暂行）

1. 数据分析服务收费标准

		流程性分析			定制化分析（45个工作日）
项目	类型	包含内容	数据类型	价格（元/样本）	包含内容	价格（元/样本）
基因组测序	Bulk	质控、序列比对、SNV/indel分析、CNV分析、突变注释	WGS WES Panel	2000 1000 200	驱动基因分析 GISTIC分析突变指纹分析 TCR/BCR组装 HLA分型新抗原分析非编码突变分析结构变异分析	5000 3000 -
	Hi-C /ChIA-PET	质控、序列比对、互作矩阵矫正、Compartment、TAD、loop分析	Hi-C	3000	调控元件分析调控网络分析整合分析	7000
	单细胞	质控、序列比对、SNV/indel分析、CNV分析、突变注释	scWGS scWES	3000	系统进化树分析整合分析	10000
转录组测序	Bulk	质控、序列比对、定量、差异分析、功能富集、基因/样本聚类	RNA-seq	500	生存分析免疫细胞浸润分析 TCR/BCR组装共表达网络分析转录调控网络分析	3000
	单细胞	质控、比对、定量、细胞聚类、细胞注释、差异分析、功能富集	scRNA-seq /scATAC-seq	2000	轨迹推断细胞速率拷贝数分析 TCR/BCR组装受体/配体分析转录调控网络分析	10000
	空间转录组	质控、比对、定量、细胞聚类、细胞注释、差异分析、功能富集	spatial transcriptomics	2000	空间聚类空间差异基因分析空间数据解卷积单细胞的所有分析	10000
DNA甲基化	Bulk/单细胞	质控、比对、甲基化定量、差异甲基化分析、功能富集	WGBS RRBS 450k	1000 500 200	样本聚类 ASM分析免疫细胞浸润分析表达谱整合	2500 1500 1200
非编码RNA		质控、比对、定量、差异分析、功能富集、分类	miRNA lncRNA circRNA	500	靶基因预测	1500
表观遗传数据		质控、比对、Peak calling、功能富集	ChIP-seq Cut&Tag ATAC-seq	500 500 500	motif分析增强子分析转录因子活性表达谱整合	3000 3000 3000
微生物组	扩增子	比对、去噪、构建进化树、alpha多样性分析、beta多样性分析、物种注释、组成分析	16S/18S	500	物种组成分析网络分析代谢通路分析	4000
微生物组	宏基因组	质控、比对、物种多样性分析、拼接、分箱	DNA-seq	3000	物种组成分析网络分析代谢通路分析	7000
质谱数据	蛋白质组	差异表达、功能富集	蛋白质组	600	样本聚类标志物筛选免疫分析	3000
质谱数据	代谢组	差异分析、功能富集	代谢组	600	样本聚类标志物筛选	2000
多组学整合	面议	包括已发表的bulk组学数据和单细胞组学数据的整合分析	-	-	面议	面议
人工智能算法	机器学习、深度学习	经典机器学习方法、DNN/CNN/RNN/LSTM/ ResNet/Transformer/ VAE/GNN/GCN等经典深度学习框架	特征数据、序列数据、影像数据	10000	多模态模型、个性化框架搭建、软件开发	> 20000
新算法和分析流程开发	-	根据用户需求，开发测试新的数据分析算法和流程。按照复杂程度和开发周期收费。	-	-	-	面议

注：北京大学及附属医院课题组可享受八折优惠（挂名），五折优惠（共一作第二+共责作第二）。

注：大样本合作方式和价格面议。

注：非紧密合作的定制化数据分析项目一般在45个工作日内结题，不负责无限期分析服务。

2. 生信平台使用收费标准（以账户为单位）

类型	类别	价格
账户	基础服务费	2000/年
计算设备	CPU	0.08元/核时
计算设备	GPU	3元/核时
存储设备	硬盘	免费存储1TB，超出部分300元/TB/年（按天扣费）
包年账户	所有服务面议	50000/年

注：仅提供给北京大学及附属医院课题组使用。

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